O Ramo da Força Aérea de Moçambique é dirigido pelo Comandante da Força Aérea, coadjuvado por um Chefe do Estado-Maior e compreende:

• A Inspecção do Ramo;
• O Comando da Aviação;
• O Comando de Defesa Anti-Aérea;
• A Repartição de Operações;
• A Repartição de Educção Cívico-Patriotica;
• A Repartição de Pessoal;
• A Repartição de Informações Militares;
• A Repartição de Reconhecimento;
• O Posto de Comando do Ramo;
• A Repartição de Comunicações;
• A Repartição de Logística;
• A Repartição de Finanças;
• A Repartição de Engenharia de Aviação;
• A Repartição de Engenharia da Defesa Anti-Aérea;
• A Repartição de Saúde Militar.

Funcionam, ainda, no Comando da Força Aérea:

• O Conselho Militar do Ramo;
• O Conselho de Disciplina do Ramo.

Na dependência directa do Comandante da Força Aérea funcionam os seguintes órgãos de apoio:

• O Gabinete do Comandante;
• O Gabinete Jurídico;
• O Gabinete de Cooperação;
• O Destacamento de Apoio e Serviços;
• A Unidade Cerimonial.

O Comando da Força Aérea é composto por:

• Comandante;
• Chefe do Estado-Maior;
• Inspector;
• Chefes de Repartições.

Na subordinação directa do Comandante da Força Aérea funcionam:

• Bases Aéreas;
• Brigadas;
• Regimentos;
• Escolas Práticas.